Figure 1: Principe de fonctionnement (source RStudio)

Texte

• 2 retours à la ligne pour faire un paragraphe
• 2 espaces et 1 retour à la ligne pour un saut de ligne
• * ou _ pour mettre en *italique* ou en **gras**
• [un lien](https://www.example.org/) → un lien
• une portion de texte peut être stylée en vert avec [vert]{style="color:darkgreen"}
• mais du HTML est aussi possible <span style="color:red">rouge</span> pour mettre en rouge

doc

Titres

Préfixer le titre avec #, ## ou ### pour avoir les titres de niveau 1, 2 ou 3, etc..

#### Titre de niveau 4

Titre de niveau 4

Listes

- Atréides
  - Leto
  - Jessica
  - Paul
- Harkonnen
  - Vladimir
  - Rabban
  - Feyd-Rautha

- Atréides
  * Leto
  * Jessica
  * Paul
- Harkonnen
  * Vladimir
  * Rabban
  * Feyd-Rautha

Liens

[Texte du lien](https://fr.wikipedia.org/wiki/Arrakis)

Texte du lien

Images

![Fremen](images/images/dune_book.jpg)

Figure 2: Fremen

![Fremen](images/images/dune_book.jpg "Shai-hulud"){#fig-dune fig-alt="A sand worm on Arrakis"}

Exercice 3 : formater du texte

Renvois

(cross-references)

Un lien automatique est créé si on indique @fig-dune ; il nous renvoie à Figure 2.

Les noms des types affichés peuvent être modifiés dans l’en-tête :

---
crossref:
  fig-prefix: figure
  fig-title:  Figure
  tbl-prefix: tableau
  tbl-title:  Tableau
  title-delim: " – "
---

Code

iris |> 
  glm(Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = _)

Call:  glm(formula = Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = iris)

Coefficients:
(Intercept)  Sepal.Width  
     6.5262      -0.2234  

Degrees of Freedom: 149 Total (i.e. Null);  148 Residual
Null Deviance:      102.2 
Residual Deviance: 100.8    AIC: 372

Options de bloc de code

• exécution :
• #| eval: exécuter le code
• #| echo: afficher le code
• nommage :
• #| label: identifiant du chunk
• #| fig-cap: légende du bloc

Outils

Si on a #| echo: true l’utilisateur voit le code mais on peut ajouter des outils pour l’utilisateur pour qu’il affiche ou cache les chunks avec, dans l’en-tête YAML :

format: 
  html:
    code-fold: true
    code-tools: true

Sorties de code

• texte, avec :
  • #| results: markup ou
  • cat() et #| results: asis
• tableaux
• images
• éléments interactifs

Tableaux

iris |> 
  summarise(.by = Species,
            moy_sepales = sum(Sepal.Length))

     Species moy_sepales
1     setosa       250.3
2 versicolor       296.8
3  virginica       329.4

Avec

format:
  html:
    df-print: kable

iris |> 
  summarise(.by = Species,
            moy_sepales = sum(Sepal.Length)) |> 
  knitr::kable()

doc

ou avec {gt}

iris |> 
  summarise(.by = Species,
            moy_sepales = sum(Sepal.Length)) |> 
  gt()

Notes de pied de page

Les notes se construisent en ajoutant un [^1] dans le texte, avec le 1 pouvant être une numérotation (pas obligatoirement dans l’ordre) ou tout autre mot clé. La note est ensuite introduite avec le même symbole dans un nouveau paragraphe :

[^1]: texte de la note

C’est normalement facile¹ à faire si on se rappelle de la syntaxe.

Graphiques

ggplot(iris, aes(Petal.Length, 
                 Petal.Width, 
                 color = Species)) +
  geom_point() +
  theme_masa()

Taille d’image dans Quarto (Arel-Bundock, 2024)

Cartes

"~/CERISE/03-Espace-de-Diffusion/000_Referentiels/0040_Geo/IGN/adminexpress/adminexpress_cog_simpl_000_2024.gpkg" |> 
  read_sf(layer = "region") |> 
  leaflet() |>
  addTiles() |> 
  addPolygons()

Équations

Syntaxe Latex entre des $ (inline) ou $$ (bloc).

$\sigma = \sqrt{\frac{1}{N} \sum_{i=1}^N (x_i - \mu)^2},\text{ où } \mu = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^N x_i$

\[\sigma = \sqrt{\frac{1}{N} \sum_{i=1}^N (x_i - \mu)^2},\text{ où } \mu = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^N x_i\] doc

Citations/bibliographie

Avec Zotero et l’extension Better BibTeX pour auto-exporter en BibTeX la collection quand elle est modifiée.

Préciser le fichier utilisé en en-tête, puis utilisation des identifiants du fichier BibTex.

---
title: "Mon document"
bibliography: formation_quarto.bib
---

Comme le dit @rdevelopmentcoreteamLanguageEnvironmentStatistical2010 :

> Lorem ipsum dolor sit amet[@rstudioGuide2024], consectetur adipiscing elit

Comme le dit R Development Core Team (2010) :

Lorem ipsum dolor sit amet (RStudio, 2024), consectetur adipiscing elit

La bibliographie est directement générée :

• en fin de document ou

• après un <div> identifié avec #refs ex. :

  ## Références
  ::: {#refs}
  :::

doc

Libellés

(Callout)

Les “libellés” permettent de mettre en exergue des informations complémentaires.

:::{.callout-note}
Il existe cinq types de libellés : 
`note`, `tip`, `warning`, `caution` et `important`.
:::

doc